关键词:代谢网络,自然演化,灵敏度相关性



论文题目:Functional comparison of metabolic networks across species
论文来源:Nature Communications
论文链接:https://www.nature.com/articles/s41467-023-37429-5

代谢表型(Metabolic phenotypes)在许多领域(如生物地球化学循环、人类健康)都很重要,探索代谢功能多样性的驱动因素需要解开代谢基因库、已实现的代谢表型、进化与环境特征之间错综复杂的关系。然而,我们应如何推断这些联系,确定代谢表型?仍然悬而未决。

最近发表在 Nature Communications 的这篇文章使用灵敏度相关性(sensitivity correlations)来量化所预测代谢网络响应扰动的相似性,进而将基因型和环境与表型联系起来。

他们发现:这些相关性通过捕捉网络环境如何塑造基因功能,为基因组信息提供了一致的功能补充。这有助于在生物体水平上跨物种进行系统发育推断。他们以245种细菌为例,确定了保守和可变的代谢功能,阐明这些功能的演化历史和生态位的定量影响,并作出了相关的代谢表型的假设。

图1. 代谢网络的功能比较

图2. 系统发育分析




编译|朱欣怡



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